複数の事業を持っている場合の確定申告のやり方がわかりません。

ご質問ありがとうございます。
埼玉県のブレイン・トータル・プランナーの舘野です。
そもそも、個人事業者の場合は、複数の営業が可能ですから、事業に関する収入はひとまとめにして計上可能です（所得の明細は必要）。他に農業や不動産所得、利子・配当所得、給与所得、雑所得、譲渡所得、一時所得は種類毎に分けて計上します。
クラウドソーシングによる所得は、事業所得か雑所得となりますが、継続性があれば事業所得の方がメリットがあります。なぜならば、青色申告事業者の届出を出すことで青色申告控除が受けられ、赤字の場合には3年間の繰り越し控除が可能となるからです。つまり、前年に赤字の繰越があれば、当年の黒字から控除する事が可能となります。
当然に、事業所得としての経費計上も纏めて計上することとなります。ご質問にございます交通費も事業所得としての経費計上となります。厳密にはICカードを使用しての電車賃は、ICカードから引き落とされた金額となりますが、使用明細がない場合には、券売機で購入された金額で問題ないでしょう。その場合にも交通費精算書を作成して、異動先の記録を残すようにしておけば、遠方への出張では日帰り出張でも日当の精算も可能となるでしょう（旅費規定は必要）。
続いて、二つの事業に係わる経費の精算は、事業所得に関することであれば、使途を明確に記載してあれば事業所得の為の経費であり拘ることはありません。
つまり、システムプログラムの作成業務と、クラウドソーシングからの受託で、同時に使用するネット使用料はどちらで計上しても個人事業主としては問題ということになります。
尚、ご個人の税務に関する詳細なお問合せにつきましては、税理士へご確認頂きますようお願い申し上げます。