子供の教育費を確保するのに、貯蓄が良いか、資産運用した方が良いか。

資産運用ではなく資産形成をメインに長期で準備する時代になったと考える方が良いと思います。
単純に預貯金のみでは増えないということもありますが、今後はインフレ懸念の台頭で現金価値が目減りすることが考えられます。また、世界中で低金利の状況はしばらく続くとも考えられるので学資保険のような貯蓄性のある保険も低金利の影響で効率は良くありません。

子供の教育費がピークになるのはそれぞれの大学入学時です。期間は末子が大学入学予定となる年数になります。現在、5歳と3歳とのことですので15年間（18歳－3歳）です。必要額は進路によって異なるので正確に計算することができませんが、2人分で1500万円と仮定します。
この場合、年率期待リターン5％で計算すると月額約5.5万円が必要になります。過去30年間の世界株式インデックスの年平均リターンが6.6％なので期待リターン5％はあり得ない数字ではありません。もし、月額5.5万円難しければ目標額を下方修正することで減らすことができます（減らした分は賞与などで補ったり、収入増となった時点で変更すればカバーできる場合が考えられます）。15年間であれば非課税制度でつみたてNISAが利用できます。つみたてNISAの対象銘柄は投資信託が中心になるので米国株式もしくは世界株式を対象にした銘柄が有効と考えます。

13年後の長子が大学入学時点で必要額を取り崩します。全部ではなく一部で残りはそのまま運用を継続します。15年後の末子が大学入学時に全額を取り崩すことになります。これにより、進路が変更になったとしても一定程度の対応は可能と考えます（医学部や歯学部など高額になる場合はプランそのものを変更する必要があります）。

資産形成は早く始めて、途中で止めずに長く続けることが重要になるので注意してください。