マイホームの建て方

ご質問ありがとうございます。
埼玉県のブレイン・トータル・プランナーの舘野です。
自営業とのことですが、ご質問の主旨から「会社」が法人化しているか、もしくは個人事業主なのかによって回答は変わります。
もし、法人化しているのであれば、どちらかが賃貸人となるわけですから、それぞれが家賃としての支払いが、家計費とするか経費とするかの違いです。
（1）個人（貸主）：不動産賃貸事業として所得申告　➡　法人（借主）：賃借料として経費計上
（2）法人（貸主）：事業の一部として収益計上　　　➡　個人（借主）：家計費として支払い
このように整理してみますと、年間の賃料額にもよりますが、個人から法人に賃貸したほうがメリットがあるように見えます。しかし、個人と法人では経費計上の考え方が違いますので、それぞれのケースの条件を詳細に計算してみない事には、メリット・デメリットが把握出来ません。但し、税務に関する御相談は税務署もしくは税理士の仕事ですので、これ以上の回答は控えさせて頂きます。
続いて、個人事業主として考えた場には、事業として使用している部分は経費計上しか出来ません。つまり、土地代や建設費は経費計上が出来ません。従いまして、住宅ローン金利、固定資産税、を使用する按分で経費計上出来ます。但し、按分には明確な根拠（居宅と店舗が区分されている等）が必要となります。
最後に、銀行によるローン審査ですが、銀行が判断するのは所得です。従いまして、法人、個人それぞの所得によって審査が変わります。また、個人であれば、住宅ローン減税を受ける事は可能ですし、現在、国土交通省による、すまい給付金制度があります（所得制限あり）。