住宅ローン減税の仕組みがわかりません。

質問内容を一通り確認させていただき、それぞれの質問に回答をしていきます。

Ｑ．初年度は確定申告を自分でするとのことですが、会社で年末調整を行ってもらっているので重複して申請することにならないか不安です

Ａ．住宅ローン減税（住宅ローン控除）は、質問者様がおっしゃる通り、初年度は確定申告をしなければ適用をすることはできません。

この理由は、住宅ローン控除の適用要件を満たしているのかどうかを税務署が確認するためであり、重複申請といったことで不安になることは一切ありません。

なお、2年目以降の住宅ローン控除は、勤務先が行う年末調整で適用を受けることが可能です。

Ｑ．還付金で受け取れなかった分は住民税から控除されるとのことですが、毎月どれくらい引かれるのか、また引かれている分は給与明細に明記されるのかが気になっています。そして収入の増減によって受給金額がどれくらい変わるかも気になっています

Ａ．住宅ローン控除は、受給（支給）されるといったものではなく、あくまでも質問者様が1年間で納めた所得税から減額される制度です。

また、住宅ローン控除の控除額は、毎年12月31日時点での借入残高の1％（100円未満切り捨て）となり、質問者様の収入や所得がどのくらいあったのかによって税効果が全く異なります。

一度、住宅ローン控除の基本的な部分、考え方について、税務署をはじめ税理士、ＦＰ、経理担当者などへ尋ねてみると良いでしょう。

なお、住宅ローン控除の金額が所得税を差し引きしてもなお、引ききれなかった場合、住民税も軽減されることになりますが、これらの金額が給与明細に記載されることはありません。

この辺も気になるようであれば、勤務先の経理担当者へ住民税についても合わせてお聞きになるのが望ましいかもしれません。（お住いの市区町村から勤務先に対して質問者様の住民税を給与から天引きする金額が案内されるため）