株取引で源泉徴収された税金。取り返せる？

ご質問ありがとうございます。証券口座を開設するとき、「特定口座」と「一般口座」のどちらかを選択する必要があり、さらに特定口座は「源泉徴収あり」か「源泉徴収なし」を選ぶことになっています。証券会社で源泉徴収されているということですので、「特定口座（源泉徴収あり）」を選ばれたのだと思います。
実際に多くの方は同じく「特定口座（源泉徴収あり）」を選ばれています。「源泉徴収あり」にしておけば、証券会社が売却損益や税額を計算し、売却益の中から税金を差し引いて納めてくれるので、投資家本人は確定申告をしなくて済むからです。
「特定口座（源泉徴収あり）」での取引は、取引の都度（1日ごと）、源泉徴収か還付が行われます。たとえばある日に株を売却して100万円の利益が出ると、その20%（※）に当たる20万円が源泉徴収され、もし翌日に別の取引で50万円の損失が出たとすると既に源泉徴収された20万円から10万円が還付されます。したがって同一口座内で同一年内の取引については確定申告をしなくても源泉徴収と還付が日々行われていることになります。
しかしながら複数口座の損益通算は確定申告が必要になります。もし複数の口座を持っていて、ある「特定口座（源泉徴収あり）」で利益が出て、他の特定口座や一般口座で損失が出た場合は、それらを合算して確定申告をすることによって源泉徴収された税金から還付を受けることができます。また合算してマイナス（損失）になる場合は、その損失を3年間繰り越して控除することができますが、その場合も確定申告が必要になります。「源泉徴収あり」を選んでいても全て自動で行ってくれるわけではないのでご注意ください。
※2037年までは復興特別所得税が加算されるため実際には税率は20.315%となっています。