スキルをあげて在宅ワークか会社員として働くか迷っています

ご質問ありがとうございます。
埼玉県のブレイン・トータル・プランナーの舘野です。
育児と家計、そして就労へのお悩み事は、特に女性から多く寄せられています。なぜなら、ライフプランへの関心が女性の方のほうが意識が高い結果なのでしょう。特に、教育費や貯蓄に関する関心が高く、不安がゆえに就労の機会をいかにするか悩まれている方は多いです。
ご質問者様も同様であるならば、ライフプランをシュミレーションされ、不安とされている収入がいくらであるかを把握されなければなりません。就労をする前に漠然と考えているよりも、必要額に合わせて目標を定めてたほうが進む道は明確になります。但し、業種や職種について個人的な価値観をお持ちであれば、その道を選択する事も大切です。つまり、収入を選ぶか、自分が望む仕事を選択するかという事になります。
ご質問に「在宅ワーク」と「企業勤務」と書かれていますが、在宅ワークを選択することは収入と支出のバランスからの判断であり、御自身のスキルや仕事への憧れのようなものは見えません。このような状況では、他のご質問に多いケースとして「在宅ワークの単価低く、単価を上げるような仕事はないか」の域へと引き込まれます。ご質問者様の努力によって得られたスキルが高賃金となる事も想定されますが、その保障は将来約束されているものではありません。
但し、勤務先への就業であれば、精神的にも体力的にも選択できるのは6年後になられるようですので、その間子育てに従事されながら、スキルアップを図る事は十分に可能です。
御自身を信じて、新たなスキルにチャレンジされる事も、ライフプランのシュミレーションに加えてみてはいかがでしょうか。
もし、結果として高い単価を得られなかったとしても、その努力は企業勤務となった時に役に立たれるでしょう。てっとり早く収入を増やす事は労働によって対価を得る事ですが、労働する事だけが人生ではありませんから、御自身の価値観（スキル）を高める事で報酬がついてくる事のほうが、理想であっても充実した人生となるとお考えいただく事も非常に大切です。