確定申告などをする際の、正しい経費の知識を身につけたい

ご質問の件について、個人事業主の場合、事業と個人的な支出が混在することがあるため、「合理的な計算」によって経費に算入したものであれば、必要経費として認められることになっています。

今回の質問者様の場合、支払家賃を事業の経費として算入していないとのことですが、「面積で案分した割合」を支払家賃に乗じることで、「合理的な計算」によって経費に算入したと認めてもらえるものと思われます。

以下、簡単な例をあげてみます。

・住んでいる建物の全体面積：100㎡
・事務所として事業を営んでいる一室の面積：20㎡
・支払家賃：1ヶ月あたり10万円

上記の場合、建物全体面積に対して事業に活用している事務所面積は、事業割合に換算すると20％【（20㎡÷100㎡）×100】となります。

したがって、支払家賃10万円に20％を乗じた月額2万円は、事業の必要経費として認めてもらえるといったイメージです。

建物の図面から、建物全体と事務所として活用しているスペースの面積を調べる必要があるものの、一度、調べて合理的に計算することで、適当な計算ではなく、根拠のある合理的な計算になっていると認めてもらえることでしょう。

ちなみに、回答者である私も自宅兼事務所として、事務所スペースは、上記のような計算を採用しており、これは、知り合いの税理士および税務署で相談した際の担当者のいずれからも問題がない旨の回答をもらっているため、信ぴょう性は高いものと思われます。

質問者様の詳細はわからないため、確実とまでは言えませんが、参考までにお役立ていただければと思いますし、不安であれば、税理士や税務署へ一度、ご確認されてみることをおすすめ致します。