子供3人私立学校、このまま続けられる？

詳細が分かりませんので、想定でお話を致します。
年収900万円の内、ボーナスが4か月分（ボーナスの手取りは180万円と想定）支給されると考えると、手取り月額（収入の8割と想定）は、およそ45万円となります。
※900万円÷16か月＝56.25万円　／　56.25万円×80％＝45万円

単純に考えれば、ボーナスを除いた手取り年収は540万円ですね。
その内、年間100万円の教育費を差し引くと440万円となりますので、
月額36万円が生活費に使えるお金と考えることができます。
※440万円÷12か月＝36.66万円

ここから家賃を差し引くと、残りは21万円。
お子さんの教育費を準備できるまで、この21万円の中で、生活費のやりくりを行うことができるように考えてみませんか？

お子さんを私立中学校、小学校に通わせているということは、
おそらく、大学進学まで考えていらっしゃると想像します。
東京都にお住まいなので、自宅からの通学になると思いますので、
大学の学費だけでも、3人分でおよそ1500万円。
上記の21万円の中で、生活費のやりくりを行い、
ボーナスおよび年間100万円程度支給されるものを5年間貯めていくと、
第一子が大学入学するころまでに1400万円の教育費を準備することができます。

その後、残りの100万円の積立を完了させた後から、次は老後資金の積立にシフトしていきましょう。少し、ペースを落として「ボーナスは上記とは別に年間100万円程度支給」されるものだけを積み立てていったとしても、夫60歳時点でおよそ1500万円の老後資金の積立ができます。なお、教育費積立と同じペースで積立を行えば、4200万円となりますが、ここまでハイペースで貯める必要性は低いかもしれません。

まずは、21万円の使い道を、例えば、食費8万円、日用品費1万円、交際費（もしくはお小遣い）夫婦各5万円、水光熱費2万円、その他5万円といったように、予算建てしてみることから始めてみましょう。あまり細かく項目分けをするのではなく、ある程度緩く考えておくのが長続きのコツです。その上で、お買い物の際のレシートを集めておき、月末や給料日前日など、ご都合の良いタイミングで集計をし、予算と照らし合わせてみましょう。その際、クレジットカードの利用明細や通帳のチェックも忘れずに！ただ、漠然と赤字に悩むのではなく、課題の見える化を図り、具体的に家計をとらえることが大切なように思います。