確定申告の仕組みについて教えて欲しいです。

所得税は1月1日から12月31日までの1年間において、所得税の課税対象になっている収入に対して課税されるものです。なので、本業の他に副業をしている場合は、それらの所得を合算して、税額を計算します。その場合、例えばサラリーマンなどの給与所得者で勤務先から所得税を源泉徴収されている場合（つまり年末調整をしている場合）、その分も含めて税額計算することになるので、二重で徴収されることはありません。確定申告のメリットは、医療費控除、雑損控除、寄付金控除が申告することによって適用を受けることができます。その場合、すでに年末調整等で税額が確定していても、納めすぎた税金の還付を受けることができます。デメリットは、サラリーマンの場合、副業をしているなど給与所得以外の所得があることを勤務先に知られることになります。これは住民税の特別徴収（給与天引き）の手続きによるものです（これをデメリットといってよいかは疑問ですが）。なお、合計所得が48万円以下（パート収入しか所得がない場合、103万円以下）の場合、または給与所得者で、給与所得・退職所得以外の所得が20万円以下の場合などは確定申告は不要です。副業されているとのことなので、収支および所得計算の管理のため、収支の記録（収入、支出、日付、項目）をのしておいた方がよいでしょう。できれば領収書等の証憑なども用意しておくことをお勧めします。因みに、確定申告の期間は所得税の計算期間の翌年の2月16日から3月15日です。詳細の手続き等についてはお住まいを管轄する税務署等に書類などが用意されていますので、ご利用ください。