居ない人に対して

色々お困りな状況ですね。確かに一般的には事例としては少ないかも知れませんが、基本を理解していれば今すべきことは見えると思います。

まず基本的に権利のある「相続人」は法定相続人として決まっています。ここはどの書籍や情報サイトでも調べられると思います。
祖父母の相続で、片方が亡くなった場合（1次相続といいます）、配偶者としての他方が半分、そして質問者にとっての（祖父母系の）親が、残りの半分を兄弟姉妹人数で按分されますので、叔父（親の弟）も当然権利者となります。親が既に他界していた場合は、質問者さん自身が代襲相続され法定相続人になります。祖父母両方が亡くなった場合（2次相続といいます）は、兄弟姉妹で均等分配が基本となります。また遺言書のあるなしによっても変わります。

まずはご自身で「家系図」を作成されることをお勧めします。そこに生年月日・没年月日等を記載しておくことで、今後の把握にも有効です。

叔父様が本当に消息不明な場合は相続人から外す手続きができなくはないのですが、多分祖父母が亡くなり相続が発生された際には何らかのコンタクトをしてきている可能性も考えられます。

現在の状況がどこまで進んでいるのか（相続手続きがされているのか）によりますので、もう少し詳しく説明頂くと適用できる回答は見つかると思います。
※ちなみに相続税申告・納税がされていたとしても（相続税納付期限から）5年間は修正（更正の請求）が可能ですので、もし不可解な手続きで進んでいたようでしたら検討下さい。私もこのような事例含めすべて実績がありますのでお力にはなれると思います。